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谐波补偿在电力系统中的应用虽然有很多优点，但也存在一些局限性：
一、无源滤波器的局限性
滤波特性固定
无源滤波器的滤波特性是由其电感、电容等元件的参数决定的，一旦设计完成，其滤波频率范围和效果就相对固定。在电力系统中，谐波源往往是多样的且可能随时间变化，例如当新的非线性负载接入系统时，无源滤波器可能无法精准地对新产生的谐波进行有效滤波。
容易受系统参数影响
无源滤波器的性能受电力系统运行参数（如系统电压、频率、负载大小等）的影响较大。当系统电压波动或者负载发生较大变化时，无源滤波器的滤波效果会大打折扣。例如，在轻载或重载情况下，无源滤波器的谐振频率可能偏离设计值，导致滤波能力下降甚至产生新的谐振现象。
可能引发谐振风险
如果无源滤波器的设计或选型不当，可能会与电力系统的电容性设备（如补偿电容器等）形成谐振条件。在这种情况下，谐振会导致谐波电流或电压被放大，反而恶化了电力系统的谐波状况，甚至可能损坏电气设备。
二、有源滤波器的局限性
成本较高
有源滤波器需要复杂的电子电路、功率半导体器件以及控制系统，这使得其制造成本相对较高。对于大规模的电力系统或者对多个谐波源进行补偿时，需要安装多个有源滤波器单元，这将进一步增加投资成本，在一定程度上限制了其广泛应用。
可靠性依赖元件和软件
有源滤波器的可靠性依赖于其内部的高压大功率电力电子器件（如IGBT - 绝缘栅双极型晶体管）以及复杂的控制软件。这些器件在恶劣的电力系统环境下可能会出现故障，而控制软件也可能存在漏洞或者受到电磁干扰而出现异常，从而影响有源滤波器的正常运行。
对系统变化适应性有限
虽然有源滤波器具有一定的自适应能力，但当电力系统发生较大变化（如电网结构改变、大型新设备接入等）时，其性能也可能受到影响。它需要重新调整控制参数或者进行升级改造才能适应新的系统状况，这一过程可能较为复杂且耗时。
三、总体应用方面的局限性
难以完全消除谐波
无论是有源还是无源的谐波补偿方式，都很难将电力系统中的谐波完全消除。这是因为电力系统中可能存在多种类型的谐波源，并且谐波在传输和分配过程中还会受到线路阻抗、变压器等设备的影响而发生变化。
需要精确的系统分析
在应用谐波补偿之前，需要对电力系统进行精确的谐波分析，包括确定谐波源的位置、类型、幅值以及系统的阻抗特性等。这对于复杂的电力系统来说是一项具有挑战性的工作，如果分析不准确，可能导致谐波补偿方案不合理，无法达到预期的补偿效果。
