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谐波补偿在电力系统应用虽有显著效果，但也存在一定局限性：
技术层面
补偿精度受限：尽管当前谐波检测技术不断进步，但在复杂多变的电力系统环境下，难以实现谐波的准确检测与补偿。像电力系统中存在大量随机变化的负载，其产生的谐波电流大小和频率随时改变，补偿装置可能无法及时、准确地跟踪这些变化，导致补偿效果打折扣。
动态响应速度不足：部分谐波补偿装置动态响应速度不够快，在面对电力系统中快速的谐波变化时，不能及时调整补偿策略。例如在工业生产中，大型电机启动或停止瞬间会产生快速变化的谐波电流，若补偿装置响应迟缓，就无法及时补偿这些谐波，可能影响电能质量。
滤波效果受系统参数影响：无源滤波器的滤波效果依赖于系统阻抗等参数，当电力系统运行方式改变，如电网拓扑结构变化、变压器分接头调整等，系统阻抗会相应改变，可能导致无源滤波器与系统发生谐振，不仅无法有效滤除谐波，还可能放大某些频率的谐波，对系统造成危害。
经济层面
初期投资成本高：谐波补偿装置研发、生产和安装需投入大量资金。有源滤波器采用先进的电力电子技术和复杂的控制算法，其核心元件和控制系统的成本较高；无源滤波器虽相对成本低一些，但大规模应用时，滤波支路的设计、制造和安装费用也不容小觑，这使得一些对成本敏感的用户望而却步。
运行维护成本高：谐波补偿装置运行过程中需要定期维护和检修，以确保其性能稳定。有源滤波器中的电力电子器件容易受到过电压、过电流等因素影响，需要专业人员进行检测和维护；无源滤波器的滤波元件也会随着时间推移出现老化、损坏等问题，更换这些元件也会产生一定费用。
应用环境层面
对复杂负载适应性差：电力系统中的负载类型多样且复杂，一些特殊负载产生的谐波具有非线性、时变性强等特点，现有谐波补偿技术难以完全适应。如电弧炉在熔炼过程中，其谐波特性随冶炼阶段和工艺参数变化而变化，补偿装置很难实现理想的补偿效果。
电磁兼容性问题：谐波补偿装置本身会产生一定的电磁干扰，在电力系统中与其他设备共同运行时，可能会影响其他设备的正常工作，同时也可能受到其他设备电磁干扰的影响，导致自身性能下降。例如，有源滤波器中的开关器件在快速切换过程中会产生高频电磁干扰，可能影响附近通信设备的正常运行。
